О том, что данная бухта является отличным местом для стоянки кораблей, было подмечено давно, ведь она надежно защищена с трех сторон и открыта с одной – западной. Русские и иностранные суда прятались здесь от штормов.

Перед тем, как попасть в бухту, суда проходят мимо двух мысов: Чирикова и Серого, и тут же оказываются в акватории Магаданского морского порта.
Порт занимает исключительное место в жизни города, да и всей области. Не случайно его называют «морскими воротами Колымы». На причалах порта ежегодно перерабатывается более 60 процентов всех грузов, поступающих в область.

Датой рождения порта считается 6 декабря 1933 года. В этот день пароход «Уэлен», пробившийся из Владивостока сквозь льды двух морей, пришвартовался у первого рукотворного причала в бухте Нагаева. Пароход ждали, все население поселка собралось на берегу. Это был настоящий праздник, победа, а досталась она нелегко. Всего за год вручную был построен двенадцатиметровый ряж, к которому смогли подходить корабли под разгрузку. Для этого понадобилось заготовить более 100 тысяч кубических метров скального грунта и 2 тысячи брёвен.

До постройки ряжа-пирса разгрузка судов осуществлялась на рейде в нескольких километрах от берега, летом – на кунгасы и катера, зимой – прямо на лёд, а затем на санях, запряжённых лошадьми, или на тракторных волокушах грузы доставляли к складам.

Есть и печальные факты, связанные с бухтой Нагаева, о которых тоже известно всему миру. Здесь до наших дней сохранился пирс, к нему причаливали корабли с заключенными, которые в 1930-х годах, считались «врагами народа». Бухта Нагаева стала свидетелем человеческого горя, слез, смертей ни в чем неповинных людей.